Durante el desarrollo de Alpha Protocol, Obsidian Entertainment también estuvo trabajando con Aliens: Crucible, un juego de rol de la famosa franquicia que finalmente acabó cancelado. Chris Avellone ha comentado en una entrevista a VG247 que fue una decisión muy triste para el equipo, y lo definió como «un Mass Effect pero más aterrador».
Avellone comentó que era algo que el estudio quería hacer, pero que las relaciones de Sega con Obsidian no pasaban por su mejor momento. Además, comentó que todos los que estuvieron implicados en el desarrollo de Aliens: Crucible estaban realmente emocionados con el proyecto, y que tenía pinta de convertirse en un gran juego, pero que finalmente Sega les dijo que el proyecto no seguiría adelante.
Este RPG habría provocado que los jugadores vieran como podían volar a un planeta alienígena donde encontrarían una de las naves o instalaciones, como lo ocurrido en Prometheus, dejadas por los Ingenieros, así como un valle de creación e instalaciones de prueba de armas. Sin embargo, Avellone también comentó que el juego era algo diferente, ya que nos habríamos encontrado con multitud de especies extraterrestres a las que nos tendríamos que haber enfrentado.
Una de las cosas que Obsidian realmente quería conseguir con Aliens: Crucible era una sensación de miedo, incluso durante una conversación. Acostumbrado a que en la mayoría de RPG se establece cierta pausa cuando iniciamos una conversación, en este juego habría sido completamente diferente, ya que los Xenomorfos podían llegar en cualquier momento.
El mayor desafío que tuvimos fue cómo mantener el miedo en las conversaciones. Puedes hacer conversaciones estresantes y aterradoras. ¿Cómo lo haces para que un alienígena pueda estar atacándote en cualquier momento? No puedes refugiarte en una conversación con dos personas que hablan mientras tratas de averiguar qué hacer.
El juego contó en su desarrollo con opciones como las conversaciones, el combate e incluso algún elemento de pirateo. Al igual que ocurre en la saga Mass Effect, el combate habría sido a tiempo real junto a dos personajes controlados por la IA, a los cuales podíamos controlar mediante órdenes simples, como enfrentarse a enemigos o agacharse. Sin duda, habría sido muy interesante ver un juego de Aliens de este tipo, pero lamentablemente es algo que no podremos ver con nosotros a los mandos.