Sonic Origins desde su primer día a la venta ha demostrado que no está en el mejor estado posible para ser jugado. Saliendo a la luz muchos errores y fallos en redes sociales de jugadores algo extrañados por la calidad del producto. No obstante, Sega está comprometido a mejorar el juego para convertir el título en una gran recopilación de algunos clásicos del erizo. Tras un tiempo en el mercado, Sonic Origins recibe una nueva actualización que soluciona un error muy importante en uno de los títulos de la recopilación, además de solucionar otros errores menores.
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Las notas del nuevo parche que llegará dentro de poco a Sonic Origins indica que se corrigieron los desajustes de pistas en el Museo para ciertas pistas de música incluidas en el paquete de música clásica. También ya se ha solucionado un problema en Sonic the Hedgehog 2 donde Tails sale de la pantalla y no puede volver a unirse.
Sonic Origins recibe una nueva actualización que soluciona un error muy importante
Anteriormente, un modder que se hace llamar Xanman se había propuesto modificar la versión de PC de Sonic Origins para solucionar errores y agregar contenido al juego, no obstante, Xanman abandonó el proyecto declarando que este título es «basura». El nombre del mod sería BetterOrigins y afirmó que en un futuro seguiría trabajando en ello si Sega arreglaba algunos aspectos internos de su juego.